魔法少女小圆剧场版分为三部曲，前篇名为"开始的故事"，将于2012年10月6日开始上映，后篇名为"永远的故事"，将于2012年10月13日开始上映，这次上映的前后篇为原TV版动画再编辑的总集篇，完全新作原创的魔法少女小圆剧场版第三部"叛逆的故事"将于2013年上映。 故事围绕着五位魔法少女的成长与冒险展开，在有着极端偏好的编剧虚渊玄的妙思之下，层层环绕的因果关系把剧情逐渐推向令人意想不到的结局，更有热衷粉丝细致入微的从画面中去挖掘哲学、宗教含义。据介绍，2012年开始的剧场版为三部曲，其中前两部是动画故事的重新梳理，第三部为原创剧情。
